Vào ngày 4 tháng 9 năm 1942, ông kết hôn với Mah-Sultan Rabbani (1926 - 26 tháng 3 năm 2010) và có bảy người con, bốn con gái và ba con trai.[50] Một trong những người con trai của ông, Mohammad Montazeri đã chết trong một vụ đánh bom tại trụ sở Đảng Cộng hòa Hồi giáo năm 1981, được tổ chức Nhân dân Mujahedin của Iran thực hiện; một người con khác, Saeed Montazeri, bị mất một mắt trong cuộc chiến Iran-Iraq năm 1985. Một người con trai khác, Ahmad Montazeri, là một giáo sĩ ở Qom. Anh trai của con rể của Montazeri, Mehdi Hashemi, đã bị kết án tử hình và bị xử tử sau cuộc cách mạng năm 1979 do liên quan đến vụ giết Ayatollah Abul Hassan Shams Abadi, người từng là nhà phê bình của Montazeri, ở Isfahan.[19]

Ông được Ayatollah Mohammad Guilani mô tả là "tỉ mỉ, nếu không nói là bị ám ảnh bởi sự sạch sẽ." [20]